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Scientific Paper

Produção de proteínas heterólogas em microalga

PhD thesis 2017

Jo Vitor Dutra Molino

Zenodo (CERN European Organization for Nuclear Research), 2017

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DOI 10.5281/zenodo.1222094

Abstract

Resumo Microalgas são um sistema atrativo para expressão de proteínas recombinantes por sua facilidade de produção em larga escala e baixo custo de cultivo. Microalgas quando usadas em estratégias de secreção de proteínas alvo são especialmente interessantes pois o processo de secreção permite: ● separar e purificar a proteína alvo de uma matriz simples, impactando custo e qualidade; ● cultivar as células com perfusão, aumentando produtividade e reduzindo tamanho de unidades de processamento; ● usar certos maquinários moleculares para modificações pós-traducionais, como glicosilação. Apesar de todas as vantagens listadas, nós identificamos pelo menos duas lacunas relacionadas ao desenvolvimento dessa plataforma de expressão: (1) estudos com peptídeo sinal (PS) são escassos, não permitindo escolha de PS com maior eficiência de secreção e normalmente obtêm baixos rendimentos (2) fotobiorreatores de escala laboratorial comerciais, não permitem paralelização de experimentos por seu custo proibitivo, reduzindo velocidade de desenvolvimento Para reduzir essas lacunas o trabalho foi organizado em duas partes: ● melhoramento das ferramentas moleculares, com avaliação de 7 proteínas fluorescentes (PF) como repórteres de secreção em Chlamydomonas reinhardtii e avaliação de 10 PSs, ● desenvolvimento de equipamentos de baixo custo para cultivo de microalgas recombinantes Realizado de forma a permitir comparação direta entre os PSs e cultivo da cepa recombinante em condições de alta produtividade (fotobiorreator), o trabalho objetivou obter alto rendimento de secreção pelas cepas recombinantes. Apesar do sucesso na secreção das 7 proteínas fluorescentes (ciano: mCerulean; verde: GFP e Emerald; laranja: cOFP, tdTomato; e vermelho mCherry), a eficiência de cada PF como repórter foi influenciada por sua região de fotoatividade. Os resultados sugerem que na região do laranja e vermelho há uma menor interferência pelos pigmentos celulares, já que elevadas relações sinal ruído (SN = 7,7 – 16,0) foram obtidas nessa região. Além disso, essas PFs apresentaram alta frequência de colônias positivas (>75%), com exceção da tdTomato (<9%). A mCherry foi escolhida para ser fusionada aos PSs selecionados para o estudo, 4 obtidos na literatura ( binding protein 1 – BiP1; arilsulfatase 1 – ARS1, anidrase carbônica 1 – CAH1], e ice-binding protein 1 – IBP1) e 6 de 2221 novos PSs previstos pelo software SignalP 4.0. Os peptídeos sinais com maior eficiência de secreção foram PS 5 e 7, ambos novos, com aumento de pelo menos 25% na capacidade de secreção de mCherry frente ao melhor peptídeo dos descritos na literatura (ARS1). Para estender a avaliação, o peptídeo sinal PS 5foi utilizado para secretar hialuronidase, um biofármaco, obtendo colônias com atividade hialuronidásica no sobrenadante. Na última parte do trabalho, foi desenvolvido o fotobiorreator tubular fechado, para cultivo dos organismos geneticamente modificados, que alcançou produtividade de 10 mg/L.d de mCherry, com velocidade máxima de crescimento de 1,27 d -1 , a uma fração dos custo das alternativas comerciais. Os resultados e recursos gerados nesse trabalho, fomentarão o desenvolvimento de bioprocessos para a produção de proteínas por microalgas recombinantes, por identificar peptídeos sinais mais eficientes, identificar as PFs úteis como repórteres e demonstrar a viabilidade da construção de fotobiorreatores esterilizáveis em escala laboratorial. PRODUÇÃO INTELECTUAL Artigos publicados em periódicos Molino JVD , de Carvalho JCM, Mayfield S. Evaluation of secretion reporters to microalgae biotechnology: blue to red fluorescent proteins. Algal Research. 2018. 31: 252–261. DOI:10.1016/j.algal.2018.02.018 Molino JVD, de Carvalho JCM, Mayfield S. Comparison of secretory signal peptides for heterologous protein expression in microalgae: Expanding the secretion portfolio for Chlamydomonas reinhardtii . PLoS ONE. 2018. 13(2): e0192433. https://doi.org/10.1371/ Molino JVD , et al. Chimeric spider silk production in microalgae: a modular bionanomaterial. Research Ideas and Outcomes 2. 2016. e9342 DOI 10.3897/rio.2.e9342 Trabalhos publicados em anais de eventos (completo) Molino JVD , et al. Construção de uma Centrífuga e de um Sistema de Eletroforese de baixo custo: Fabricação Digital como alternativa para a Educação. 1 a . Conferência FabLearn Brasil, 2016, São Paulo. Trabalhos publicados em anais de eventos (resumo) Molino, JVD , et al. AlgAranha. International Genetically Engineered Machine – iGEM – 2016, Boston. Molino JVD , Rasala B, Mayfield S, de Carvalho JCM. Signal Peptides development for Algae. Food & Fuel for the 21st Century Symposium, 2015, San Diego. Produtos tecnológicos Molino JVD . Cisluminator for agarose gel. Zenodo. 2017, São Paulo. Zenodo http://doi.org/10.5281/zenodo.494977 Molino JVD , Diaz CA, Camargo, LSF, Tanaka, AE, & Carvalho, JCM. Tubular Photobioreactor – For microalgae. 2017, São Paulo. Zenodo. http://doi.org/10.5281/zenodo.495196 Molino JVD , & de Carvalho, JCM. LED Panel – microalgae. 2017 Zenodo. http://doi.org/10.5281/zenodo.495204 Molino JVD , & Vieira, D. OpenCyclop – a in situ microscope. 2017. São Paulo Zenodo http://doi.org/10.5281/zenodo.495192 Molino JVD & Arico B, et al. Microcentrifuga – Centrífuga Seletora https://github.com/Brunoarico/centrifuge Demais produções técnicas Banco de dados Molino JVD , Carvalho JCM, & Mayfield S. In silico identified signal peptides of Chlamydomonas reinhardtii [Data set]. 2017. Zenodo. http://doi.org/10.5281/zenodo.556792 Educação e Popularização de C & T Molino JVD, Apresentação da tese de doutorado. Vídeo. 2017. https://youtu.be/4DQDCijnwoQ Molino JVD , Possibly mating algae – Chlamydomonas reinhardtii. Vídeo. 2017. https://www.youtube.com/watch?v=aNZfJbw9hB4 Molino JVD , Swimming algae – Chlamydomonas reinhardtii. Vídeo. 2017. https://www.youtube.com/watch?v=YZDDe_sQGH8 Molino JVD , Como calcular quantidade de proteínas com o ImageJ. 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